Za datę powstania osady Żegiestów przyjmuje się 26 lipca 1575 roku. Obszar ten był własnością biskupów krakowskich.
Ale uzdrowisko powstało oczywiście znacznie później bo w roku 1846. Wówczas to Jakub Ignacy Medwecki, węgierski szlachcic, kierownik kąpielisk w Muszynie, odkrył w dolinie Szczawnego Potoku źródła wody mineralnej. Wykupił od miejscowych chłopów tereny, na których biły źródła, i rozpoczął budowę pierwszych pensjonatów i łazienek. Pierwsze źródło nazwane zostało Anna - na cześć żony Medweckiego. Zakład rozwijał się dobrze, jego właściciel nie narzekał na brak kuracjuszy, choć nie miał środków na zapewnienie im warunków lepszych, niż tylko drewniane, skromne pensjonaty. Po śmierci Ignacego Medweckiego w 1868 roku Zakład Zdrojowy przejęli jego spadkobiercy, zaś zarząd objął syn – Karol Medwecki. Okres jego 20-letnich rządów to czas rozkwitu miejscowości. Niewątpliwie przyczyniło się do tego otwarcie linii kolejowej Tarnów – Muszyna, z przystankiem w Żegiestowie Zdroju.
Powstawały nowe wille i pensjonaty (z wybudowanych wówczas domów do dziś zachowała się jedynie Żegotka, nazwana tak na cześć założyciela Zdroju, Ignacego Medweckiego. Żegota to słowiański odpowiednik imienia Ignacy), zbudowano wówczas Dom Zdrojowy (w miejscu obecnej pijalni wody Anna) oraz Nowe Łazienki. Przepiękny park zdrojowy ozdobiły klomby różane, wytyczono ścieżki i aleje spacerowe, zamontowano oświetlenie naftowe. Na Łopacie Polskiej istniało duże ogrodnictwo zaopatrujęce Zdrój w świerze warzywa i kwiaty. Oprócz kąpieli mineralnych w modę weszły kąpiele w Popradzie – uważane wówczas za lecznicze. Zakład stał się tak popularny, iż jego kierownik zmuszony był dawać ogłoszenia w prasie, by nikt nie przyjeżdżał bez rezerwacji miejsca.
Przejazd dwukonną dorożką z Krynicy do Żegiestowa i z powrotem kosztował 12 złotych reńskich czyli tyle ile kosztowały 2 pary luksusowych męskich butów z cholewami. Cena wózka chłopskiego, zwykle jednokonnego, wynosiła na tej trasie 3.50 złr., ale podróż była mniej wygodna. Droga nie była brukowana, lecz wysypywana szutrem, który szybko się ścierał i zamieniał w kurz. Przybywających gości podejmował Medwecki zwyczajem węgierskim wodą mineralną zmieszaną z winem, a potem częstował obiadem... (Bronisław Babel, Wspomnienia z Krynicy).
Świetną passę Żegiestowa przerwała w 1888 roku śmierć Karola Medweckiego. Wprawdzie wśród jego spadkobierców znaleźli się ludzie energiczni, gotowi kontynuować prace nad ulepszaniem zdrojowiska, jednak kilka następujących po sobie katastrof (pożar, awaria w zakładzie) spowodowały, że podupadły Żegiestów przeszedł w ręce nowych właścicieli – Wiktoryny Więckowskiej i ks. Michała Żygulińskiego. Zdrój powrócił do dawnej świetności. Powstała wówczas kaplica zdrojowa pw. św. Kingi, odbywały się koncerty, spotkania, wystawiono tu również pomnik ku czci Juliusza Słowackiego.
Wybuch I wojny światowej niemalże zrujnował uzdrowisko. Jednak znów okazało się, że miejsce to, nawet mimo skrajnie niesprzyjających warunków, nie może upaść. Powstała po wojnie spółka Żegiestów Zdrój, na czele której stanął Jędrzej Krukierek, zaś później jego syn Kazimierz, podniosła uzdrowisko do rangi jednego z najlepszych w Polsce. W tym czasie powstały wille: Zamek (dziś zupełnie zniszczony), Polonia (w prywatnych rękach, czeka na remont), Elżka (wystawiona na sprzedaż), Malutka, Orlątko (przez długie lata mieszkanie pracowników Zdroju, obecnie w prywatnych rękach), Sanato (dziś pensjonat Cztery Pory Roku), Biały Orzeł (mieści się tu poczta), Zosieńka i inne. Wtedy też zbudowano imponujący gmach Wiktora – na owe czasy (1936) był to jeden z najbardziej luksusowych budynków Polski południowej. Zakupem działki, na której stanął Wiktor, zainteresowany był Jan Kiepura, lecz nie mógł rywalizować z koncernem naftowym, któremu ostatecznie przypadła. A szkoda, bo może osoba Kiepury stałaby się obecnie dla Żegiestowa podobną reklamą jak dla Krynicy.
Obok Wiktora wznosi się budynek, zamieszkał obecnie przez pracowników sanatorium. Uważny obserwator zauważy z tyłu budynku półokrągłą wieżyczkę, zwieńczoną kopułą. Jest to pozostałość po kaplicy – w tej willi bowiem w latach międzywojennych mieścił się pensjonat dla księży greckokatolickich; stąd też jego nazwa – Księżówka.
Niewątpliwie największą inwestycją okresu międzywojennego (1929) była budowa Nowego Domu Zdrojowego, projektu prof. Adolfa Szyszko-Bohusza. Dom ten stał się centrum kulturalnym Żegiestowa, tu też leczyła się największa grupa kuracjuszy. Jednak mimo pozytywnej roli, jaką Dom Zdrojowy odegrał w życiu Żegiestowa, nie brakło też minusów tej inwestycji. Wpłynęła ona bowiem na spore kłopoty finansowe spółki, a co więcej, tak usytuowany budynek zamknął możliwości dalszej rozbudowy Zdroju w dolinie Szczawnego Potoku. Istniejące tam domy skazane zostały na zagładę – pozostały jedynie łazienki i urządzona w latach 60. XX w. pijalnia. I znów, jak przed ponad dwudziestu laty, rozkwit uzdrowiska zniweczył wybuch wojny. Urządzenia leczniczo-zabiegowe skradziono, kilka budynków zburzono, zaś pozostałe uległy zniszczeniu. Wysadzenie tunelu kolejowego na rok odcięło niemal Żegiestów od świata.
W czasie II wojny światowej w sanatorium Wiktor, nazywanym wówczas Dom Goeringa, mieścił się niemiecki szpital wojskowy, zaś w Domu Zdrojowym kwatera młodzieży z Hitlerjungen oraz szkoła policyjna.
Po wojnie, w 1947 roku, Zakład Zdrojowy został upaństwowiony. Wypoczywający tu kuracjusze byli kierowani do Żegiestowa z ramienia Funduszu Wczasów Pracowniczych i przez zakłady pracy. Jednak nie tylko. Nigdy nie brakło ludzi, przybywających tu na własną rękę, zafascynowanych pięknem tego zakątka. Żegiestów żył, deptak zdrojowy, podobnie jak przed wojną, pełen był kuracjuszy i wczasowiczów. W uzdrowisku działały sklepy, restauracje, była apteka i zakład fryzjerski, funkcjonowała biblioteka, odbywały się dancingi, koncerty, odczyty. Rokrocznie Żegiestów odwiedzały tysiące ludzi. W 1996 roku (przed wejściem w skład Spółki Krynica-Żegiestów) znajdowało się tu 1300 miejsc noclegowych. Ostatnio Żegiestów znów przeżywa okres stagnacji. Domy wypoczynkowe i sanatoria, z wyjątkiem nielicznych, stoją puste, niszczeją. Na deptaku przed Domem Zdrojowym kwitną jeszcze kwiaty, nie są to już jednak sławne żegiestowskie róże a zdziczałe krzewy. Z rzadka zabłądzi tu wczasowicz z Łopaty, bądź też z którejś z kwater agroturystycznych z Żegiestowa Wsi. Może jednak nie trzeba tracić nadziei. Historia Żegiestowa obfitowała we wzloty i upadki, a po każdym upadku uzdrowisko stawało się jeszcze piękniejsze. Miejmy nadzieję, że tak stanie się i tym razem.